Jedním z hlavních cílů činnosti na Fakultě vojenského leadershipu Univerzity obrany v Brně je podpora vědecké a výzkumné činnosti a zkvalitnění přípravy a koordinace projektů na fakultě. Realizuje se na jednotlivých katedrách, kde bezprostředně navazuje na jejich oborové zaměření a je nedílnou součástí práce každého pedagoga. Hlavní úsilí vědecké a výzkumné činnosti akademických pracovníků fakulty je zaměřeno na plnění závěrečných cílů a úkolů řešených  záměrů rozvoje organizace. Vědecko-výzkumná činnost je hodnocena zejména ve formě publikačních výstupů, interními vědeckými semináři, zapojováním se do řešení domácích a mezinárodních projektů.

Fakulta pravidelně zveřejňuje informace o aktuálních možnostech zapojení se do výzkumných projektů a koordinuje aktivity při přípravě návrhů těchto projektů. Poskytuje informační servis v oblasti výzkumu, experimentálního vývoje a inovací. Vykonává agendu institucionálního a účelového výzkumu na fakultě, agendu projektů výzkumu a vývoje resortu MO a projektů grantových agentur. Eviduje podávané a řešené projekty na fakultě. Připravuje podklady pro jednání Vědecké rady fakulty.

Specifický vysokoškolský výzkum je řešen na fakultě v souladu se Směrnicí rektora Univerzity obrany ke specifickému vysokoškolskému výzkumu, s důrazem na podporu studentů při zpracování disertačních a diplomových prací.

Fakulta se dále zaměřuje na pokračování ve spolupráci se zahraničními partnery při realizaci mezinárodních vzdělávacích a výcvikových aktivit v rámci Evropského programu celoživotního učení Erasmus+.

Fakulta vykonává agendu habilitačních řízení a řízení ke jmenování profesorem, zpracování akreditačních materiálů pro akreditační komisi MŠMT.