Studijní program Řízení a použití ozbrojených sil je konstruován ve prospěch Ministerstva obrany (MO) a Armády České republiky (AČR). Jedná se o profesní studijní program zaměřený na přípravu budoucích vojenských profesionálů a ve své struktuře zohledňuje požadavky na důstojníka AČR. Zásady tvorby systemizovaných míst a řízení kariér v rámci AČR neodpovídají způsobu vzdělávání ve strukturovaných studijních programech, proto AČR požaduje připravovat a vzdělávat budoucí důstojníky v nestrukturovaném souvislém pětiletém magisterském studijním programu, který zajistí jejich komplexní přípravu a optimální získání všech požadovaných znalostí, dovedností a kompetencí. V souladu s koncepčními materiály resortu MO naplňuje vzdělávání v uceleném pětiletém magisterském studijním programu potřeby a požadavky na přípravu vojáků z povolání. Vzdělávání vojenských profesionálů je i s ohledem na budoucí profesi velmi specifické, kdy mimo tradičních vysokoškolských předmětů zahrnuje v průběhu celého studia také vojenský výcvik, praktické stáže, výuku cizích jazyků, obecnou a speciální tělesnou přípravu. Studijní program je realizován v úzké spolupráci s útvary a zařízeními AČR, na výuce se podílejí odborníci z praxe – zkušení vojáci z povolání, kteří jsou dočasně zařazováni na místa lektorů UO a z důvodu přenášení poznatků z praxe dochází k jejich pravidelné obměně z řad příslušníků AČR, popř. jiných součástí MO.

Fakulta rovněž nabízí studijní programy (bakalářské a navazující magisterské) určené pro civilní studenty.